Άποψη του κάστρου στη Χώρα Καλύμνου., Coronelli Vincenzo[1707]
Σύμφωνα με την αρχαιολογική έρευνα, περίπου 40 μέτρα ΝΑ του Χριστού της Ιερουσαλήμ της Καλύμνου, στα τέλη του 5ου-6ου οικοδομείται μία ακόμη βασιλική, η Αγία Σοφία, ένας τρίκογχος ναός που καταστράφηκε από τον σεισμό του 554 μ.Χ, με μέγεθος 7+ βαθμών. Από τον εσωτερικό διάκοσμο της διασώζονται εντυπωσιακά πολύχρωμα ψηφιδωτά δαπέδου που περιλαμβάνουν πλαίσια με ζώα, ψάρια και μαιανδροειδείς σταυρούς.
Η εκκλησία επισκευάστηκε μετά τον σεισμό, όμως εγκαταλείπεται οριστικά τον 7ο αιώνα. Ενα παρεκκλήσι κατασκευάζεται την Υστεροβυζαντινή περίοδο μπροστά από την αψίδα του Ιερού Βήματος, το οποίο είναι πλέον ερειπωμένο και ίσως καταστράφηκε από τον σεισμό του 1493 μ.Χ με μέγεθος 6.8 βαθμών και επίκεντρο πιο δυτικα από αυτό του 554. Οι ανασκαφές που έγιναν δεν αποκάλυψαν πλήρως το ναό.
Εκτός από την Αγία Σοφία, αρκετά μνημεία και ναοί στην ιστορία της Καλύμνου χάθηκαν από τις συχνές και βίαιες επισκέψεις του Εγκέλαδου.
Ο Γ.Κουκούλης στο βιβλίο του, η Κάλυμνα της Ιστορίας, μεταξύ άλλων αναφέρει ότι «στην αρχαιότητα η Κάλυμνος υπέφερε πολύ από σεισμούς. Βρέθηκε μία επιγραφή [ψήφισμα του Δήμου Καλυμνίων] του 2ου αιώνα π.Χ που λέει ότι στο νησί γίνονται συνεχείς σεισμοί. Ξέρουμε δε και τον άλλο του 554 κατά τον οποίο βούλιαξε η Πόθαια στη θάλασσα ανάμεσα Μυρτιών και Τελένδου… Κάποτε πριν τον 7ο αιώνα π.Χ έγινε ένας φοβερός σεισμός από τον οποίον χάθηκαν τόσο πολλοί άνθρωποι ώστε αυτοί που επέζησαν ήταν ανεπαρκείς για να καλλιεργήσουν την γη τους και να υπερασπίζουν το νησί τους. Κι αναγκάστηκαν να δεχτούν αποίκους από την Κω [Διοδώρου,βιβλιοθήκη]».
Χερσαία ρήγματα έχει η Κάλυμνος που όμως έχουν ενεργοποιηθεί κατά τους προϊστορικούς χρόνους. Όμως οι ιστορικοί καταστροφικοί σεισμοί της Καλύμνου δεν προήλθαν από τα ρήγματα του νησιού. Το νησί γειτονεύει με σημαντικά υποθαλάσσια σεισμικά κέντρα που είναι σε θέση να δώσουν ισχυρότατα επεισόδια. Το Ρήγμα Gokova, το Ρήγμα Κω και η συστάδα ρηγμάτων της Αμοργού και Αστυπάλαιας έχουν δώσει κατά το παρελθόν πολύ σημαντικούς σεισμούς.
Το περασμένο καλοκαίρι, ο Ιερός Ναός της Παναγίας Καλαμιώτισσας στην Πόθια, υπέστη μικρές ζημιές [εσωτερικά στον τρούλο, κά] από το Ρήγμα Gokova. Ζημιές σε σπίτια και το οδικό δίκτυο από κατολισθήσεις βράχων καταγράφηκαν στην περιοχή προς τον Άγιο Σάββα και το Καμάρι, ενώ έπεσαν και κάποιες πέτρες από παλιά σπίτια.
Ωστόσο, η δράση του Ρήγματος Κω ήταν πιο καθοριστική στους αρχαίους και παλαιοχριστιανικούς ναούς και ιδιαίτερα στον σημαντικότερο αρχαιολογικό χώρο της Καλύμνου. Ιδιαίτερα οι μέγιστοι σεισμοί της Κω έχουν προκαλέσει μεγάλες ζημιές στην πολιτιστική κληρονομιά της Καλύμνου.
Οι γεωλογικές διεργασίες μεγάλης κλίμακας που εκδηλώνονται στην τεκτονική τάφρο της Κω επηρεάζουν τα χαλαρά εδάφη και τοπικά τους ελάχιστα συνεκτικούς σχηματισμούς της Καλύμνου.Οι πρόσφατες και παλαιές προσχώσεις, οι χαλαροί ηφαιστειακοί σχηματισμοί όπως και τα κορήματα της κοιλάδας, γεωλογικοί σχηματισμοί με μέση πυκνότητα από 1,5-2 gr/cm3 φαίνεται ότι πρόδωσαν τα ιερά κτίσματα και όχι μόνο.Οι κατολισθήσεις από τα υψώματα, οι καθιζήσεις, τα φαινόμενα εδαφικής ροής από ρευστοποίηση εδάφους συχνά προξένησαν προβλήματα στους κατοίκους και στις κατασκευές τους.
Στον σημερινό οικισμό της Χώρας, κοντά στην Αγία Σοφία,βρίσκεται και ο Ναός του Δαλίου [ή Δηλίου] Απόλλωνα από αρχαίο οικοδομικό υλικό του οποίου οικοδομήθηκε ο Χριστός της Ιερουσαλήμ.
Η λατρευτική χρήση του χώρου ξεκινάει από τις αρχές της 1ης χιλιετίας π. Χ. και φθάνει ως την Παλαιοχριστιανική εποχή, οπότε ανεγέρθηκαν στο χώρο οι 2 μεγάλες παλαιοχριστιανικές βασιλικές, ο Χριστός της Ιερουσαλήμ και η Αγία Σοφία. Η παράδοση λέει ότι ο Χριστός της Ιερουσαλήμ κτίστηκε από την Αγία Ελένη ή τον Αρκάδιο κατά την επιστροφή τους από την Ιερουσαλήμ, κατά τον 5ο μ.Χ. αιώνα.
Ο Απόλλωνας για χρόνια ήταν ο προστάτης των θαλασσινών της Καλύμνου. Στον αρχαιολογικό χώρο έχουν βρεθεί αγάλματα μεγάλης αξίας. Ο Απόλλωνας προστάτευε τους σφουγγαράδες και αυτοί προσεύχονταν πριν το επίπονο έργο τους και του ζητούσαν να τους δίνει δύναμη και κουράγιο. Επίσης επιγραφές και αγάλματα που έχουν βρεθεί στον συγκεκριμένο χώρο επιβεβαιώνουν την λατρεία του Δία, της Δήμητρας ,του Διόνυσου, της Αφροδίτης και του γαιήοχου Ποσειδώνα.
Μία αναθηματική στήλη των αρχαίων λιμενεργατών της Καλύμνου είναι αφιερωμένη στην Κω, πρωτεύουσα της Ομοπολιτείας, προς τιμή του Δία, της Ήρας, του Απόλλωνα και του Ασφαλείου Ποσειδώνα μετά τον σεισμό του 139 μ.Χ του Αντωνίνου Πίου.
Από την σεισμική δόνηση του Αντωνίνου, με μέγεθος 7,2-7,5 βαθμών και επίκεντρο νότια της Ρόδου, προκλήθηκαν ζημιές στην Κάλυμνο, σε πόλεις της Καρίας [Στρατονίκαια],της Λυκίας, στην Κω, την Σέριφο, τη Σύμη και την Ρόδο. Η Κάλυμνος υπέστη σοβαρές ζημιές από το σεισμό και όχι από το τσουνάμι που εισέβαλε και προχώρησε πολλά χιλιόμετρα στην ξηρά της Ρόδου και φέρεται να χτύπησε και την αρχαία Αλάσαρνα της Καρδάμαινας Κω.
Το ιερό του Απόλλωνα υπήρξε πολιτικό και θρησκευτικό κέντρο και περιλάμβανε οικοδομήματα λατρευτικού και δημόσιου χαρακτήρα, μεταξύ 4ου και 3ου αιώνα π.Χ. Ευρήματα από επιγραφές, βάσεις αγαλμάτων, θραύσματα αγγείων, ειδώλια μαρτυρούν την συνεχή χρήση του χώρου ως λατρευτικού κέντρου. Εκτός από το ναό του Απόλλωνα, υπήρχε και ναός του Ασκληπιού, γυμνάσιο, βουλευτήριο και θέατρο.
Ο αρχαίος ναός του Απόλλωνα ίσως καταστράφηκε από τον μέγιστο των 6,8 βαθμών από τα καμώματα του κοιμώμενου γίγαντα του Δίαυλου Κω-Νισύρου, το 411 π.Χ , τον ίδιο σεισμό που ισοπέδωσε την Κω Μεροπίδα. Πριν λίγα χρόνια, σε αποθέτη βρέθηκαν πολλά μέλη από σπασμένα αγάλματα, λόγω καταστροφής που υπέστη το ιερό τους πρώτους χριστιανικούς αιώνες.